燕王发出清君侧的檄文后就在和辽王、宁王接触。谷王在建文诏发讨逆檄文以后就举家前往了南京。扔下了护卫和封地。被燕王轻松接手。代王朱桂封地大同府在历史上就是一个疯子。因罪被建文贬为庶人。而靖难之后永乐帝恢复了朱桂的王爵。可是朱桂仍然没有改进。永乐帝曾赐玺书给他说：“闻弟纵戮取财，国人甚苦，告者数矣，且王独不记建文时耶？”又下令从今起王府不得擅役军民、敛财物。当时朱桂已经多次被人控诉行为不轨，永乐帝赐敕列其三十二条罪状，召朱桂入朝，可是朱桂不来。永乐帝第二次召他时，在中途把他遣还，把他的三护卫革去，直到永乐十六年才恢复护卫。这厮竟然活到正统十一年十二月十二日去世，足足做了四十多年王爷。谥号“简”，由孙朱仕?继承王爵。这不能用，这一定是猪队友。燕王也知道这厮的德行，就派了个太监过去告诉他。我要清君侧。你老老实实呆在封地别动。动我就揍你。代王竟然很听话。把朝廷派过去的都赶回了南京。
晋王朱棡封地太原府，位置很重要。而且第一代晋王和太子朱标感情笃深，是标准的太子党。而太子薨逝后又紧紧盯着燕王。不成想晋王在洪武三十一年薨。第二代晋王幼时与日后的建文帝朱允炆、秦隐王朱尚炳、明仁宗朱高炽在南京读书，手足情深。可是最后在历史上的行为却很令人迷惑。晋王游说晋军旧将不要参与到燕王和建文的战争中。做到了不仅自己打酱油，大半个晋军跟着一起打酱油。大大保障了燕王的后路。中途短暂复出，领兵在大同击退了（本来就打算撤退的）燕王。在此次战役中，让手下一只精锐蒙古骑兵脱离队伍，投降朱棣。在北方的塞王护卫中都有大量的蒙古骑兵。都是北征时投降的。这种兵力不用白不用。而且便宜又好用。为啥不用。这厮收到了燕王派出的太监传信后。很笃定的回复，知道了。也不太鸟燕王。更不鸟新皇。这厮也是够高冷。
把周边几个重要的藩王搞定的同时，燕王在给自己辖下的军队做调整。燕王的燕山三护卫由张玉担任都指挥使，原三护卫指挥使不动。朱能升任燕山左护卫指挥佥事，丘福升任燕山中护卫指挥佥事。潭渊升任燕山右护卫指挥佥事。这四位在原本的历史中也是靖难的功臣。张辅将火器局交给大明璟。火器营改神机营，张辅任第一人指挥使。张家现在一门二指挥使。燕王对张玉父子的信任到了无以复加的地步。燕山三护卫、营州三护卫、大宁左右卫和神机营移师通州。朱高炽、宁王带领原燕山六卫及原燕王府侍卫镇守北平。燕山六卫在洪武中期就被改制为屯田卫了。后来又分出来密云三位、怀柔三卫、大兴卫、永清左右卫、蓟州卫、真定卫、永平卫等众多屯田卫所。这次乘军制改革将有些屯田卫直接改成军屯卫。燕山六卫恢复军户卫。三万燕山六卫加上王府侍卫加上大明璟为朱高炽组建的近卫炮兵营一起守护北平城绰绰有余。朱高炽在想燕王请示成立近卫炮兵营的时候，燕王无论如何也没有想到这支炮兵营最后会成长为大明无敌的象征。最后还上了大明杏黄旗。北京城九个门，每个门配备长炮五十门，擎电炮五十门。中远距离都可以照顾到。等到进入三百尺距离就是火铳的天下了。大明璟对朱高炽说，这样的火炮密度。建文把大明现在有所有的军力派过来也是当炮灰。
经过几个月的装备训练和军制改革后。燕王听从了张玉的建议，一改即刻挥戈南下的计划。原本历史上，燕王朱棣需要对付东边的大宁卫和南面建文的朝廷大军。现在只需要认真对付南面来敌即可。而且大明璟和马和的舰队在做适应性训练，完成以后就可以南下沿海岸将沿岸城市港口一一拿下。并一次性解决大明水师。
此时原北平布政司左布政使郭资帮助燕王起草了告将吏军民书：
皇考太祖高皇帝，并建诸子，藩屏国家。皇考有疾，初不令诸子知之。闰五月初十日亥时崩，十一日寅时即敛，七日即葬，逾月始报讣诸王，又不容其奔丧。而信任奸邪悉更祖法。诸王小过便见削夺，未及期年，削夺五王、湘王被迫阖宫自焚。我守藩以来，一心敬慎奉法守分，不敢违越。比用谗邪之言，无故輙见疑忌，昨遣人奏事，执付狱吏，备极苦楚，迫其招认反谋，餙无为有，必欲加害。天地、宗庙、神灵在上，尔曹众耳目在下，吾果有此心乎？已闻调天下军马四集，吾父子一家之命，危在朝暮。死不足惜，但伤身蹈善行，而名被大恶，所不甘于心。况此皆奸臣所为，非出朝廷之意，吾将躬诣阙下自白。且闻奸臣之谋，谓今宗藩所可忌者惟吾一人，去之则其他如折朽，不足虑矣。其导少主所为，率皆反道背德，流连荒亡之事。天变不畏，祖法不守，人怨不恤，駸駸不已，天下几何其不乱？国家几何其不亡？昔我皇考起布衣，提三尺剑东征西讨，南攻北伐，万死一生，百战劳苦以肃靖天下，肇造帝业，三纲陈纪，以传万世，岂堪一旦为贼败坏之哉。今少主为奸臣所蔽，恐不见答。则惟应以尔等往，清君侧之恶，扶国家于既坏，安宗社于垂亡，恭朝阙庭，谒拜陵寝，然后退守旧藩庶，几以明忠孝之心。（此篇告将吏军民书不算字数）
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